Cũng theo quyết định trên, Quỹ phòng thủ dân sự Trung ương (Quỹ) do Bộ Quốc phòng quản lý. Bộ máy quản lý Quỹ sử dụng quân nhân thuộc Bộ Quốc phòng do Bộ trưởng Bộ Quốc phòng quyết định.
Quỹ phòng thủ dân sự Trung ương có nhiệm vụ tiếp nhận, quản lý, sử dụng các nguồn đóng góp tự nguyện của các tổ chức, cá nhân trong nước, ngoài nước; nguồn điều tiết từ Quỹ phòng thủ dân sự cấp tỉnh về Quỹ theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ và nguồn điều tiết từ các quỹ tài chính Nhà nước ngoài ngân sách có liên quan đến hoạt động ứng phó, khắc phục hậu quả sự cố, thảm họa. Tên giao dịch tiếng Anh của Quỹ là Central Civil Defense Fund (viết tắt là CCDF).
Quỹ hoạt động không vì mục đích lợi nhuận mà nhằm hỗ trợ cho các hoạt động phòng thủ dân sự mà ngân sách Nhà nước chưa đầu tư hoặc chưa đáp ứng yêu cầu. Việc quản lý, sử dụng Quỹ phải bảo đảm đúng mục đích, đúng pháp luật, kịp thời, hiệu quả, công khai, minh bạch, tiết kiệm, hiệu quả.
Việc điều tiết giữa Quỹ phòng thủ dân sự và các quỹ tài chính Nhà nước ngoài ngân sách có liên quan đến hoạt động ứng phó, khắc phục hậu quả sự cố, thảm họa được thực hiện trong trường hợp cấp bách.
Nhiệm vụ của Quỹ là hỗ trợ các hoạt động phòng thủ dân sự mà ngân sách Nhà nước chưa đầu tư hoặc đầu tư nhưng chưa đáp ứng yêu cầu; tiếp nhận, quản lý, sử dụng các nguồn tài chính. Thực hiện chế độ báo cáo, kế toán theo quy định tại Nghị định số 200/2025/NĐ-CP và pháp luật có liên quan; chấp hành việc thanh tra, kiểm tra, kiểm toán của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền theo quy định của pháp luật. Đồng thời, công bố công khai về quy chế hoạt động, kết quả hoạt động của Quỹ phòng thủ dân sự, báo cáo tình hình thực hiện Quỹ theo quy định tại Quyết định số 09/2026/QĐ-TTg và pháp luật liên quan.
Về nguồn thu, Quỹ thu từ nguồn đóng góp tự nguyện của các tổ chức, cá nhân trong nước, ngoài nước; nguồn điều tiết từ các quỹ tài chính Nhà nước ngoài ngân sách có liên quan đến hoạt động ứng phó, khắc phục hậu quả sự cố, thảm họa; nguồn điều tiết từ Quỹ phòng thủ dân sự cấp tỉnh về Quỹ phòng thủ dân sự Trung ương theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ; thu lãi từ tài khoản tiền gửi.
Nội dung chi của Quỹ theo quy định tại Điều 27 Nghị định số 200/2025/NĐ-CP ngày 9-7-2025 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Phòng thủ dân sự.